Moin. Da ich selbst auch merke, dass die Folien zum Teil unzureichend sind (in AST noch einbisschen mehr als in ASE) denke ich, dass ein Thread sinnvoll wäre, in dem die Leute einpaar Extraquellen zusammentragen könnten aus denen sich besser lernen lässt.

Wird wahrscheinlich wieder nur jeder Quellen haben und keiner selbst recherchieren wollen, aber einen Versuch ist es wert.


ASE:
Das hier hilft sich einbisschen Basiswissen in Punkto Sequenzierung zu verschaffen. Vor allem Sanger, Primer Walking und Shotgun kann man hier ganz gut nachvollziehen. Quelle auf Deutsch:
http://webclu.bio.wzw.tum.de/binfo/edu/tutorials/genomsequenzierung.pdf

Hallo, ich bin gerade dabei den Lernzettel für AST durchzuarbeiten aber leider habe ich Probleme damit eine Lösung für die Aufgaben:
Frage 5
Frage 13
Frage 17
Frage 18
Frage 19

Hat zufällig jemand in der Vorlesung aufgepasst und kennt die Lösungen noch?

Danke, würde mich sehr freuen

AST Folien sind unbrauchbar *aufreg*

AST Folien sind unbrauchbar *aufreg*

Er meinte ja, dass die Fragen schon viel der Klausur abdecken. Ich hoffe einfach, dass der Rest dann ableitbar oder trivial ist. Mehr kann man jetzt sowieso nicht mehr tun.

Wie funktioniert die frozen approximation??

Wie funktioniert die frozen approximation??

Nicht sehr gut eigentlich. Siehe Skript 8_prot_fold_recog_ast.pdf Seiten 24-25.

Mensch, diese zwei kann ich einfach nicht beantworten:

13.You have microarray data for a set of DNA fragments under different conditions (normal,
starvation, temperature stress, …). You want to use a clustering algorithm to find which
genes or DNA fragments behave in the same way. Describe a descriptor


14. Name two criteria one could use to recognize secondary structure in protein structure.
Draw a diagram.

Jemand vielleicht Vorschläge?

Wie funktioniert Taylor / Ising Sping Domain recognition?

Wie funktioniert Taylor / Ising Sping Domain recognition?

Du hast ein Protein. Du gibst allen seinen Stellen numerische Namen (von 1 aufsteigend). Du fertigst zu jeder Stelle Listen mit den jeweiligen Nachbarn an (wie auch immer ist nicht wichtig).

m_j = erste Stelle (erstes Label, also 1)
m_average = 1 / anzahlNachbarn * Summe Nachbarn zu mj
while(noch nicht fertig)
für jedes m_j
if(m_average > m_j)
m_j = m_j +1
else
m_j = m_j-1

Du gehst also einfach durch jedes Label, rechnest m_average aus und guckst ob das größer ist als das Label an m_j. Wenn ja, wird das Label an m_j um eins hochgezählt, sonst um eins runtergezählt.

Rechne es auf dem Papier durch mit "beliebigen" Nachbarlisten (nimm die Verkettungen aus der Grafik in den Folien). Dadurch, dass du die numerischen Labels hoch und runter zählst erhälst du einige gleiche. Jedes Label mit derselben Zahl gehört dann zu einem Cluster/einer Domain.


Und jetzt bitte meine zwei Fragen beantworten :P.

Ach, wenn ich schon dabei war:

5.  You construct a phylogeny based on a protein sequence which is conserved in bacteria,
fruit flies and humans. What are the bad assumptions that underlie the evolutionary
distances ?

Diese verschiedenen Organismen haben unterschiedliche Lebensspannen. Gebiete innerhalb eines Proteins mutieren in verschiedenen Organismen mit unterschiedlichen Raten.

Frage 17.
Siehe einzige Grafik einer Funktion in den Folien, die zum Output angegeben ist. Die ist es. (das S förmige).

18. A neural network usually has numbers as its input. A protein sequence is a series of
characters (amino acid types). How would you encode a protein sequence so it is suitable
for a neural network ?

Man betrachtet Fensterweise Abschnitte der Sequenz. Dabei hat man die gewünschte Stelle und rechts und links noch einpaar Nachbarn. Wir nehmen an wir schauen ein 5 Residues großes Fenster an (die gewollte Stelle, Nachbarn +1, +2 rechts und -1,-2 links davon).  Man erstellt eine Matrix, die Spalten sind mit den Buchstabencodes der Stellen(Aminosäuren) betitelt, die Zeilen mit den Stellennummern -2,-1,0,+1,+2. In der Matrix wird für das vorkommen einer Aminosäure eine 1 reingestellt, für das nichtvorkommen eine 0. So entsteht Zeilenweise ein binärer Code, den man in einen Input Knoten des NN einlesen kann.

19. My neural network has 103
hidden nodes and, during training, appears to produce better
results than a network with 100 hidden nodes. What is the danger of too many hidden
nodes ?

Bei zu vielen Parametern besteht die Gefahr der zu großen Generalisierung, das NN passt sich zu stark dem Rauschen an.

Knackige Klausur(AST). Eines steht fest: Es reicht nicht aus, einfach nur die Antworten auf die Fragen zu kennen. Ohne Verständnis dahinter wird man keine gute Note schreiben (bzw vielleicht garnicht erst bestehen).

war soft. hab 2 tage intensiv gelernt und konnte jetzt die antworten auf die übungsfragen und das wars. ez game obv

Hey. Kann mir vielleicht jemand Bootstrapping/Jack Kniffing erklären oder alternative Lernquellen dazu nennen?

Ich verstehe einfach nicht was der Sinn des ganzen ist weswegen ich auch bezweifle, dass ich den Ablauf richtig verstehe.

Ich habe also einen Datansatz an Alignierten Sequenzen. Ich nehme mir zufällig Spalten heraus, lösche/verschiebe/dubliziere sie und baue mit diesem Veränderten Datensatz nochmal einen Baum. Das mache ich 100 bis 1000 mal und vergleiche die Bäume untereinander. Die Verzweigungen, die am häufigsten Vorkommen nehme ich zur Konstruktion des finalen Baumes.

Aber… was bitte soll das bringen? Ich verändere die Datensätze irgendwie frei Schnauze, wieso sollte ich die Ergebnisse dieser Prozedur für irgendwas benutzen? Habe ich es vielleicht falsch verstanden?

AST Noten sind da:

1,0 – 1
1,3 – 1
1,7 – 2
2,0 – 3
2,3 – 1
2,7 – 3
3,0 – 2
3,3 – 0
3,7 – 3
4,0 – 2
4,3 – 0
4,7 – 0
5,0 – 1
————-
– 2,747

Nur einer Durchgefallen. Nicht erschienene sind wohl nicht mit aufgeführt.

Über die Benotung kann man nun wirklich nicht meckern ;)

Über die Benotung kann man nun wirklich nicht meckern ;)

Man kann über praktisch alles meckern. ;)

Hey. Kann mir vielleicht jemand Bootstrapping/Jack Kniffing erklären oder alternative Lernquellen dazu nennen?

Ich verstehe einfach nicht was der Sinn des ganzen ist weswegen ich auch bezweifle, dass ich den Ablauf richtig verstehe.

Ich habe also einen Datansatz an Alignierten Sequenzen. Ich nehme mir zufällig Spalten heraus, lösche/verschiebe/dubliziere sie und baue mit diesem Veränderten Datensatz nochmal einen Baum. Das mache ich 100 bis 1000 mal und vergleiche die Bäume untereinander. Die Verzweigungen, die am häufigsten Vorkommen nehme ich zur Konstruktion des finalen Baumes.

Aber… was bitte soll das bringen? Ich verändere die Datensätze irgendwie frei Schnauze, wieso sollte ich die Ergebnisse dieser Prozedur für irgendwas benutzen? Habe ich es vielleicht falsch verstanden?

Hat denn keiner gelernt und keiner eine Ahnung? Der Thread entwickelt sich wirklich wie im Startpost vorhergesagt :D.

Die Noten sind ja wirklich sehr nett verteilt, aber ich hoffe Torda ist keiner von diesen Profs die denken, die Noten via Stinemail zu verschicken reicht aus. Obwohl ich ASE erst gestern abgelegt habe ist bei mir heute schon mein Ergebnis in Stine eingetragen, von AST immernoch keine Spur. :/

Moinsennn,

wie waren die mündlichen Prüfungen so? also atmosphäre, haben sich die Fragen an den Fragenkatalog gehalten usw… hab morgen Prüfung und denke bin ganz gut vorbereitet, aber man weiss das ja nie so genau :D

Danke =)

Moinsennn,

wie waren die mündlichen Prüfungen so? also atmosphäre, haben sich die Fragen an den Fragenkatalog gehalten usw… hab morgen Prüfung und denke bin ganz gut vorbereitet, aber man weiss das ja nie so genau :D

Danke =)

Ja, Gonnella hat sich weitgehend an den Fragenkatalog gehalten. Er hat ihn sogar vor sich und liest zum Teil daraus vor. Man hat es ja auch schon waehrend der Vorlesungszeit gemerkt - Gonnella ist ein uebelst netter Typ (alleine wieviel Muehe er sich fuer die Ausarbeitung des Fragenkatalogs gemacht hat). Dieses Bild bestaetigt sich waehrend der Pruefung absolut. Er ist keiner von den Leuten, die bei Luecken immer weiter nachbohren. Wenn er irgendwo merkt, dass da nicht viel oder falsches kommt wechselt er auch bald das Thema. Der Protukulant stellt keine Fragen und schreibt nur mit, aber auch er ist sehr nett. Das war wirklich eine der angenehmsten muendlichen Pruefungen die ich je hatte.

Moinsennn,

wie waren die mündlichen Prüfungen so? also atmosphäre, haben sich die Fragen an den Fragenkatalog gehalten usw… hab morgen Prüfung und denke bin ganz gut vorbereitet, aber man weiss das ja nie so genau :D

Danke =)

Ja, Gonnella hat sich weitgehend an den Fragenkatalog gehalten. Er hat ihn sogar vor sich und liest zum Teil daraus vor. Man hat es ja auch schon waehrend der Vorlesungszeit gemerkt - Gonnella ist ein uebelst netter Typ (alleine wieviel Muehe er sich fuer die Ausarbeitung des Fragenkatalogs gemacht hat). Dieses Bild bestaetigt sich waehrend der Pruefung absolut. Er ist keiner von den Leuten, die bei Luecken immer weiter nachbohren. Wenn er irgendwo merkt, dass da nicht viel oder falsches kommt wechselt er auch bald das Thema. Der Protukulant stellt keine Fragen und schreibt nur mit, aber auch er ist sehr nett. Das war wirklich eine der angenehmsten muendlichen Pruefungen die ich je hatte.

Danke =)

klingt schonma gut, hauptsache er macht das immer so ^^

Ja war sehr nett die Prüfung, mir ist beim Lernen aber schon extrem aufgefallen, dass ASE viel mehr Stoff ist als AST. Sollte man nicht unterschätzen.

war echt hardcore… ist mir jetz auch nicht besonders positiv aufgefallen

AST Noten sind da:

1,0 – 1
1,3 – 1
1,7 – 2
2,0 – 3
2,3 – 1
2,7 – 3
3,0 – 2
3,3 – 0
3,7 – 3
4,0 – 2
4,3 – 0
4,7 – 0
5,0 – 1
————-
– 2,747

Nur einer Durchgefallen. Nicht erschienene sind wohl nicht mit aufgeführt.

Nicht erschienene sind wohl doch aufgeführt. Denn ich war nicht da und habe somit ja eine 5.0 und das erscheint unter Stine auch. (also keiner durchgefallen? klingt ja super)

Sind die Prüfungsordnungen für AST anders?
Ich habe eine Mail bekommen, ich hätte die Prüfungsvoraussetzung nicht erfüllt, die ich aber habe. Damit kann ich nicht zum 2. Termin für die Prüfung.
Bin leicht verwirrt, das ist in 4 Semestern vorher nicht passiert (ok nur 1-2 mal nicht zum 1. Termin erschienen.. aber doch ein paar mal einfach nichts drauf geschrieben)..

*verwirrt*

Nicht erschienene sind wohl doch aufgeführt. Denn ich war nicht da und habe somit ja eine 5.0 und das erscheint unter Stine auch. (also keiner durchgefallen? klingt ja super)

Sind die Prüfungsordnungen für AST anders?
Ich habe eine Mail bekommen, ich hätte die Prüfungsvoraussetzung nicht erfüllt, die ich aber habe. Damit kann ich nicht zum 2. Termin für die Prüfung.
Bin leicht verwirrt, das ist in 4 Semestern vorher nicht passiert (ok nur 1-2 mal nicht zum 1. Termin erschienen.. aber doch ein paar mal einfach nichts drauf geschrieben)..

*verwirrt*

Nein sind sie nicht. Ich habe die Liste aus seiner Email genommen, dort standen Matrikelnummern mit Note und Punkten. Es gab keinen mit 0 Punkten, auch der 5er hatte einpaar erzielt. Man müsste zumindest sehr schlau sein um trotz Abwesenheit noch Punkte zu erzielen.

In Stine steht ja auch eindeutig: fehlend ohne Grund 3 (während es nur einen 5er gibt).
Die sind dort auch in den Schnitt eingerechnet weshalb sich dieser mit 2,81 nach unten korregiert hat.


Wenn du nicht zur Klausur kommst bist du durchgefallen, damit verfällt eine Prüfungsvoraussetzung nicht. Du hast den Schein also nicht bekommen. Was die Scheinkriterien sind ist garnicht so klar, angaben hier im Forum waren alle höchst inoffiziell.

was heißt cfr.?

AST - ase-slides-3 - seite 23.

Es geht um Solid

throughput: (cfr. Roche 454: 500 Mbp)

Der Kontext sagt es doch eigentlich schon.

cfr. heisst vgl.
Manchmal cf. abgekürzt. Steht für confer (Latein).

danke danke

So, wir haben noch ein paar fragen die wir alleine nicht beantworten können, vielleicht weiss hier ja jemand ne antwort:

13. You have microarray data for a set of DNA fragments under different conditions (normal, starvation, temperature stress, …). You want to use a clustering algorithm to find which genes or DNA fragments behave the same way. Describe a descriptor.

14. Name two criteria one could use to recognize secondary structure in protein structure. Draw a diagram.

21. Give a piece of empirical evidence that neural networks using only protein sequence will probably never be completely succesful in predicting protein secondary structure.
[Im Skript steht das die Grenze bei 88% korrektheit liegt, aber nicht warum. Es reicht doch nicht aus einfach 88% zu schreiben?]

22. Describe and use a diagram to explain how protein domains may be recognized using sequence information, even when the structure is not known.
[Im Skript gibt es hierzu eine Abbildung, wo man eine Sequenz sieht die in Domains eingeteilt ist, möchte er sowas sehen?]

30. I have discovered a sequence motif ACDXX[WY] which is present in all enzymes of the sulphur-happyase class. I claim I can look for this motif and recognise more proteins of the same type. What should I do to see if this is a reasonable claim?
[Möchte er hier hören das wir in einer Datenbank nach diesem motif suchen und schauen ob die Ergebnisse vom entsprechenden Typ sind?]

Hier noch zwei schwere vom zweiten Beispielfragen-Zettel:

6. Explain why protein sequence optimisation is a discrete optimization problem. Give an example of a continuous optimisation problem.
[Wir können erklären warum es sich um ein Diskretes Optimisierungsproblem handelt, aber haben im Skript kein Beispiel für ein "continuous optimisation problem" gefunden. Hilfe!]

7. If protein sequence design is a discrete optimization problem, what optimisation methods can i not use?
[Quasi wie oben… Im Skript gibt es zu diesem Thema nur 3 Folien, das wars. Eine Internet-Recherche hat bisher auch nichts sinnvolles erbracht.]

Vielleicht kann uns ja jemand helfen. :D Ich denke mal anderen wird damit auch geholfen. :)

Wäre schön wenn wer die Fragen beantworten könnte. Das sind genau die, die bei mir auch offen geblieben sind.

Zudem, mag mir wer verraten wo die Klausur stattfindet? (: Stine macht sich einen Spass draus mich immer mal von der Klausur abzumelden und ich musste die arme Frau Schacht schon wieder stören das sie das wieder berichtigt.

Wäre schön wenn wer die Fragen beantworten könnte. Das sind genau die, die bei mir auch offen geblieben sind.

Zudem, mag mir wer verraten wo die Klausur stattfindet? (: Stine macht sich einen Spass draus mich immer mal von der Klausur abzumelden und ich musste die arme Frau Schacht schon wieder stören das sie das wieder berichtigt.

Bei der Prüfungsvorbereitung wurden alle Fragen beantwortet, inklusive aller hier gestellten.
In Anbetracht der Tatsache, dass nur drei Leute zur zweiten Klausur müssen kaufe ich dir auch nicht ab, dass du plötzlich jemand anderes bist der exakt dieselben Fragen hat.

Wieso hast du keine der angebotenen Vorbereitungen im Semester genutzt?

Wäre schön wenn wer die Fragen beantworten könnte. Das sind genau die, die bei mir auch offen geblieben sind.

Zudem, mag mir wer verraten wo die Klausur stattfindet? (: Stine macht sich einen Spass draus mich immer mal von der Klausur abzumelden und ich musste die arme Frau Schacht schon wieder stören das sie das wieder berichtigt.

Bei der Prüfungsvorbereitung wurden alle Fragen beantwortet, inklusive aller hier gestellten.
In Anbetracht der Tatsache, dass nur drei Leute zur zweiten Klausur müssen kaufe ich dir auch nicht ab, dass du plötzlich jemand anderes bist der exakt dieselben Fragen hat.

Wieso hast du keine der angebotenen Vorbereitungen im Semester genutzt?

Naja, abgesehen davon, das nicht alle Fragen beantwortet wurden, habe ich tatsächlich keine Verbindung mit der anderen Person.
Und ich hatte definitiv leichte Probleme die Antworten alle dort zu verstehen, meine Notizen sind witzig aber ergeben nicht 100% Sinn. Und wieso habe ich in der Übung nicht gefragt? Weil man die Fragen verstehen muss um Fragen dazu fragen zu können. ;)

Aber wirklich vielen Dank, unglaublich wie freundlich und paranoid einige Leute sind.
Anstatt wie ein Mädchen rum zu zicken, hättest du auch ein zwei Gedanken zu den Fragen schreiben können. Wofür sind Fragethreads überhaupt da? Egal welche Frage, es kam alles schon in den Vorlesungen und Übungen vor.

Ui es gibt nurnoch 3 Leute? Ich bin aufjedenfall der, der zum ersten mal die Fragen gestellt hat. Mittlerweile haben wir auch schon den Großteil der Fragen beantworten können. Bist du Informatiker? Wenn ja, wir lernen heute am Ikum weiter, Raum D-202 höchstwahrscheinlich, vielleicht hast du ja bock mit uns zu lernen, kann man sich nochmal austauschen.

Ansonsten schreib ich heute Abend nochma unsere Lösungen zu den besagten Aufgaben hier rein.

Anstatt wie ein Mädchen rum zu zicken

Als Mädchen fände ich es komisch wie ein Junge rumzuzicken.

Viele "deiner" Fragen haben eine enorm einfache Antwort, die man sogar verstehen und aufschreiben kann, wenn man niemals etwas mit Bioinformatik zutun hatte. Deswegen mein Verdacht dass du entweder garnicht anwesend oder geistig nicht anwesend(sprich einfach nicht mitgeschrieben hast) warst.

Ihr seid drei oder vier Leute. Es sei denn, es hat sich noch ein großer Teil vorbildlich zum ersten Termin ab und zum zweiten angemeldet.

Also mindestens 2 leute waren für den ersten termin nicht angemeldet

Gibt es vielleicht noch jemanden der die Fragen für die Klausurvorbereitung für AST ausgraben könnte? :)

Dieser Thread hat 86.000 Views? XD

Da hatte wohl jemand eine klemmende F5-Taste..

Gibt es vielleicht noch jemanden der die Fragen für die Klausurvorbereitung für AST ausgraben könnte? :)

bump :S